Une seule image peut-être composée de plusieurs cellulos mis les uns au dessus des autres, et pour compliquer les choses, certains cellulos peuvent être réutilisés à plusieurs reprises (un mouvement de bouche de quelqu'un qui parle, par exemple). On se retrouve donc avec des tonnes de cellulos. Comment ne pas mélanger tout ça ? C’est là que la numérotation des cellulos (ou des dôgas – le principe est identique) est bien utile. Cette numérotation est toujours au minimum une lettre suivie d’un nombre : A1, A7, B2, etc. et généralement, c'est situé en haut à droite de la pièce. Le numéro, on devine assez facilement que c’est l’ordre des cellulos, les uns par rapport aux autres, mais pour un même "niveau". Car quand on a 2 ou 3 cellulos de superposés, on a potentiellement 2 ou 3 numérotations de superposées également, et c’est là que la lettre intervient : elle correspond au niveau de cellulo sur une image, A étant les cellulos les plus "au fond", B ceux que l’on met directement par dessus, C ceux par dessus le B, etc. A noter qu’on peut avoir en plus, à côté de ce code ou bien en haut à gauche, un autre numéro (éventuellement précédé de la lettre C) qui correspond en principe à la scène (Cut) de l’épisode ou du film en question. Enfin le cellulo final d’une séquence possède en général le terme END en plus de sa numérotation, ce qui rappelle qu’il est le dernier. Pour rappel, certains de ces numéros sont entourés, cela pour indiquer que l'on a affaire à des pauses clés (des key-cels, ou dôga-clés, qui héritent de genga).
Un exemple étant souvent plus clair qu’un long discours, voici ci-dessous la décomposition d'une pièce de la série Moby Dick (Hakugei Densetsu), contenant 4 cellulos :
Episode 15 de Mody Dick : chaque corps est fixe, et les cheveux bougent, donc au final 4 couches sont utilisées.
Dernier point : les décors (backgrounds) ne comptent pas dans cette numérotation. Des Book-cels peuvent aussi s'insérer au milieu de plusieurs cellulos, mais cela ne décale pas la numérotation non plus.